盆栽長霉菌的可能原因很多，首先是栽培環境太潮濕，如果長期保持盆栽表面潮濕，再加上栽培環境陰暗，就會長出霉菌若是這種情形盆栽本身也會因為潮濕生長不良，但不至於死亡。應對做法是將盆栽移至通風及光照處，並且少澆水，待盆土乾了再澆，應會有所改善
另外有很多情形是因為培養土造成的；如果選擇的培養土不清潔若是這種情形應該停止使用這類培養土，並將盆栽更換培養土。也有可能因為使用未完全發酵的有機肥，使得有機肥內的菌類在培養土中持績生長。不論是哪一種，除了停止使用外，可將培養土或有機肥堆置，待其發酵完成後再使用或進行殺菌 可將其曝晒在陽光下使菌絲死亡 或以電鍋方式殺菌
選用培養土應以排水性佳的培養土來更植，市售的培養土多半是2-3種以上的無土介質調配而成為一種混合性介質，選用培養土應看培養土的介質內容物成份有哪些，才能判斷出到底哪一重才合適，如果不了解所使用培養土排水性的良莠狀況，建議可以再添加一份顆粒狀的介質，如珍珠石 、蛇木屑、稻殼等，都可以有效增加更換介質的排水性
可利用蒸煮或曝晒方法消毒使用過的土壤
- 將培養土放入電鍋中，加入一杯半的水，蒸約30分鐘
- 培養土放入塑膠袋中，土壤要保持濕潤，密封袋口，放在大太陽下曝晒3天以上。培養土於使幅過後，泥炭土可能會腐化或流失而減少，蛭石結構可能會被破壞 因此經過消毒之後的舊培養土可與新買的培養土或泥炭土1:1混合，或舊培養土、泥炭土及蛭石1:1:1混合使用，珍珠石結構較不易被破壞 因此不可添加太多的珍珠石 以免保水性差
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